《神曲》全诗分《地狱》《炼狱》和《天堂》三部，每部由33首诗组成，加上全书的序曲，总共有100篇之多。
这部长诗采用的是中古时期所特有的梦幻文学形式，通过但丁的自叙描述了他在1300年复活节前的那个星期五凌晨，在黑暗的森林里迷了路。黎明时分，他来到一座洒满阳光的山峰脚下。他正要攀登，却被三只张牙舞爪的野兽（豹、狮、狼，象征淫欲、强暴、贪婪）拦住了去路，情势十分危急。这时，古罗马时代的伟大诗人维其略出现了。他受但丁青年时期所爱恋的对象贝亚德的嘱托前来搭救但丁，然后作为他的向导带他游历地狱和炼狱。
地狱形似漏斗，共分九层，各层又分不同的圈。罪人的灵魂按照生前罪孽的轻重，分别放在不同的圈层中受刑罚，罪恶愈重者愈放在下层。例如第一层收容的是一些异教徒的灵魂，第二层里都是些好色之徒……第五层是一潭污泥浊水，那些在生前动辄发怒的灵魂在这里你撞我咬，打得一个个皮开肉绽。后面几层收容的都是罪孽深重的灵魂，有暴君、惯用暴力者、蔑视上帝者，生前犯有淫媒、诱奸、贪污、伪善、偷盗等重罪的灵魂，也在这里遭受酷刑。地狱的第九层是个巨大的深井，其底部是个冰湖（冰在这里象征背信弃义者的冷酷无情），凡生前犯有残杀亲人或各种背叛罪行的灵魂都给冻在湖里。
冰湖是地狱之底。此后，但丁随着维其略通过一条裂缝又重返了地面，来到洗罪涤恶的炼狱山之前。炼狱又称净界，是大海上的一座孤山。能够进入炼狱的，是那些生前的罪恶能够通过受罚而得到宽恕的灵魂。炼狱主体部分是七层，加上外部的山脚和山顶花园，一共九层。分别洗净傲慢、嫉妒、愤怒、怠惰、贪财、贪食、贪色七种罪。肮脏的灵魂被洗净罪过后，可逐步升向山顶。山顶上是一座地上乐园。
维其略到这里后就悄然退去了，改由贝亚德前来引导但丁。但丁喝了忘川水，忘掉过失，获得新生。贝亚德带领但丁游历天堂的月球天、水星天、太阳天、火星天等九重天，一切有德之士、贤哲以及基督、天使都住在这儿。但丁最后终于来到上帝面前，这里光辉四射，充满欢乐和爱，是但丁的理想境界。
《神曲》是一部充满隐喻性、象征性，同时又洋溢着鲜明的现实性、倾向性的作品。但丁借贝娅特丽丝与他的谈话表示，他写作《神曲》的主旨，是“为了对万恶的社会有所裨益”。也就是说，《神曲》虽然采用了中世纪特有的幻游文学的形式，其寓意和象征在解释上常常引发颇多争议，但它的思想内涵是异常明确的，即映照现实，启迪人心，让世人经历考验，摆脱迷误，臻于善和真，使意大利走出苦难，拨乱反正，寻得政治上、道德上复兴的道路。但丁生活在社会变革的历史时期，作为一位“有强烈倾向的诗人”，他一心想革新政治，实现他的理想与抱负。但他痛苦地看到，他的故乡佛罗伦萨成了分裂与内讧的受害者，“祸起萧墙，戈操同室”，城市陷于党派的仇恨，虚弱无能，日益堕落：
在你所记忆的年月里，你改变了多少次法律、钱币、官吏、风俗，更换过多少次市政府的委员！
而意大利动乱的现实，封建主暴虐无能使生灵涂炭的情景，更令他痛心疾首：
呜呼，奴隶的意大利，痛苦的温床，你是暴风雨中失去舵手的孤舟，你不复是各省的主妇，却沉沦为娼妓！
因此，但丁比任何时候都更加迫切地希望建立中央集权的君主政体，以约束和驾驭互相敌对的城邦和封建诸侯，保障意大利成为一个统一的、富强的国家，“使世纪获得稳固的和平，使雅诺的庙门关闭”。
当时，意大利名义上隶属神圣罗马帝国，-但帝国的皇帝通常从德意志诸侯中产生，仅仅在名义上行使对意大利的统治。但丁抨击皇帝鲁道夫一世和阿伯特一世父子只热衷于在德国扩充势力，不来意大利行使权力，使意大利实际上陷于政治分裂状态，“帝国的花园荒芜了”。但丁在深刻地描绘了当时的政治和社会现实后，对企图主宰基督教世界的教会，对垄断中世纪全部文化的宗教神学，给予了异常严厉的揭露和批判。他进一步发挥在《帝制论》中阐述的政教分离的原则，并针对中世纪神学宣扬的“日月说”，在《神曲》里把自己的政教平等的观点形象地概括为“两个太阳说”：
造福世界的罗马，向来有两个太阳，分别照明两条路径，尘世的路径，和上帝的路径。
这个比喻生动地说明，政权和教权是分别照耀尘世生活和精神世界的两个太阳，它们之间应当是独立平等、分工合作的关系，而不是从属、争斗的关系，更不可合而为一。而如今呢？但丁无限感慨地指出：
一个太阳把另一个熄灭，宝剑和十字架都拿在一个人的手里。
教权入侵政权的结果，使两者互相制约，监督的职能丧失了，世界由此“遭了殃”，连教会也“跌入泥潭，玷污了自己所承担的责任”。
因此，但丁对教会肆无忌惮地干涉意大利内政、破坏国家的和平与统一的罪恶，对教会僧侣颠倒善恶、犯罪造孽的种种败行劣迹，表达了异常强烈的憎恨。他痛斥教皇、主教、教士“日夜在那里用基督的名义做着买卖”，干着买卖圣职、敲诈勒索、荒淫无度、迫害基督徒等丑恶的行为，“使世界陷入悲惨的境地”；他们沉湎于金钱的淫秽污臭，“到处断绝上帝赐给人民的面包”，树立了导致人民“走上邪路”的“坏榜样”。但丁指出，背弃《圣经》教义的僧侣，把圣保罗、圣彼得抛到九霄云外，把罗马教廷变为“污血的沟，垃圾的堆”，“圣殿变成了兽窟，法衣也变为装满罪恶面粉的麻袋”。
耐人寻味的是，但丁把贪婪的教皇、主教、教士置于第四层接受惩罚，并把当时还在世的镇压佛罗伦萨共和政权，在意大利制造动乱和分裂，企图篡夺世俗权力的教皇朋尼法斯八世预告打入地狱第八层，头脚倒栽在深穴里，接受火刑。但丁借用中世纪处置政治谋杀犯的酷刑，严厉惩罚朋尼法斯八世，预言式地宣告了正义必将战胜邪恶，教会干涉世俗的局面必将结束的前景。但丁的这种愿望和情感，表达了新兴市民阶级摆脱中世纪教会束缚和宗教神学桎梏的要求。
但丁热情地歌颂现世生活的意义，认为现世生活自有本身的价值。他在《神曲》中强调人赋有“自由意志”，这是“上帝最伟大的主张”，上帝给予人类“最伟大的赠品”。他鼓励世人在现实生活中应该坚定不移地遵循理性：
你随我（指象征理性的诗人维吉尔）来，让人们去议论吧，要像竖塔一般，任凭狂风呼啸，塔顶都永远岿然不动。
诗中热烈歌颂历史上具有伟大理想和坚强意志的英雄豪杰，希望世人以他们为榜样，振奋精神，避开怠惰，战胜一切艰险，去创造自己的命运。在但丁看来，坐在绒垫上或者睡在被子里，是不会成名的，只能是虚度一生。 ’ 赞颂理性和自由意志，召唤对现世和斗争的兴趣，追求荣誉的思想，这是但丁作为新时代最初一位诗人的特征之一。这种以人为本，重视现实生活价值的观念，同中世纪一切归于神的思想，同宗教神学宣扬的来世主义，都是针锋相对的。
《神曲》还表露了反对中世纪的蒙昧主义，提倡文化，尊重知识的新思想。但丁称颂人的才能和智慧，对于教会排斥和否定的古典文化，他更是推崇备至。他在诗中奉荷马为“诗人之王”，亚里士多德是“哲学家的大师”，称维吉尔是“智慧的海洋”。他热情洋溢地讴歌荷马史诗中的英雄奥德修斯在求知欲的推动下，离开家庭，抛弃个人幸福，历尽千难万险，扬帆于天涯海角去探险的事迹，并通过奥德修斯指出：
你们生来不是为了和走兽一样生活，而是为着追求美德和知识。
意大利从中世纪向近代社会过渡的历史时期的社会政治变化和精神道德情状，在《神曲》中也获得了真切、广泛的描绘。难能可贵的是，但丁对新兴市民阶级的贪图私利、追逐金钱，高利贷者的重利盘剥，对正在形成中的资本主义关系的罪恶，也有清晰而深刻的认识，并予以严厉的谴责。他指出，市民阶级暴发户充满了“骄狂傲慢和放荡无度之风”，田园式的宁静生活已一去不复返，因为骄傲、嫉妒和贪婪是三颗星火，使人心燃烧起来。P2-5