卷之一
精神五贜
五臟變腧第二
五贜六腑陰陽表裏第三
五臟五官第四
五臟大小六腑應候第五
十二原第六
十二經水第七
四海第八
氣息周身五十營四時日分刻漏第九
營氣第十
營衛三焦第十一
陰陽清濁精氣津液血脉第十二
津液五别第十三
奇邪血絡第十四
五色第十五
陰陽二十五人形性血氣不同第十六
卷之二
十二經脉絡脉支别
十二經脉絡脉支别
奇經八脉第二
脉度第三
十二經標本第四
經脉根結第五
經筋第六
骨度腸度腸胃所受第七
……
小儿杂病第十一

《黄帝三部针灸甲乙经》为“中华中医古籍珍稀稿抄本丛刊”之一种，丛刊遴选院上海生命科学信息研究中心所藏珍稀中医古籍稿抄本原貌影印而成。本书底本为晋皇甫谧所辑《黄帝三部针灸甲乙经》十二卷，为明代抄本，有极高的文献及文物价值。