全书分两大部分, 第一部分为注释部分, 是从整体上对《神农本草经》的解读。首先是《神农本草经》的原文、注释、译文和按语部分: 该部分《神农本草经》原文系重新辑佚而成, 以《证类本草》为底本, 参照以往多种版本; 注释力求简要而不繁琐考证; 译文尊重经典, 以直译为主; 按语在序录部分主要为提纲挈领, 在药物部分主要为名实考证。其次分别从药物的历代名医汇讲、现代认识、民俗文化等几个部分对《神农本草经》所记载的365种具体药物进行论述, 也是首次对《神农本草经》药物进行的一次相对全面的总结和研究。第二部分是对